Ribonuklease H ialah keluarga enzim endonuklease dengan kekhususan substrat yang dikongsi untuk untaian RNA dupleks RNA-DNA. Secara definisi, RNase H membelah ikatan fosfodiester tulang belakang RNA untuk meninggalkan kumpulan 3' hidroksil dan 5' fosfat.[6] RNase H telah dicadangkan sebagai ahli superkeluarga berkaitan evolusi yang merangkumi nuklease lain dan enzim pemprosesan asid nukleik seperti integrase retrovirus, transposase DNA, resolvase simpang Holliday, protein Piwi dan Argonaute, pelbagai eksonuklease, dan protein spliseosom, Prp8.[7][8]

RNase H boleh dibahagikan secara meluas kepada dua subjenis, H1 dan H2, dengan atas sebab sejarah, diberi sebutan angka Arab dalam eukariot dan sebutan angka Rom dalam prokariot. Oleh itu, Escherichia coli RNase HI ialah homolog Homo sapiens RNase H1.[2][6] Dalam E. coli dan banyak prokariot lain, gen rnhA mengekod HI dan gen rnhB mengekod HII. Kelas ketiga berkaitan, dipanggil HIII, wujud dalam beberapa bakteria dan arkea; ia berkait rapat dengan enzim HII prokariot.[3]